Jon Nieve es el hijo bastardo de el señor de Invernalia, Eddard Stark. No conoce a su madre y ni siquiera sabe quién es por lo que es una de sus mayores obsesiones. Su carácter está completamente condicionado por su origen. A pesar de no ser un hijo legítimo sus hermanos le aprecian, sobre todo el mayor y heredero de Invernalia, Robb Stark. También destaca su relación con Arya, la hermana pequeña a la que le regala una espada llamada 'Aguja'.
Cuando encuentran a la loba huargo muerta en el bosque y se reparten los cachorros, el suyo es el último en aparecer. El más pequeño, el más débil y albino. Blanco como la nieve y ojos rojos como llamas decide bautizarle como Fantasma. Jon, al igual que sus hermanos tiene una conexión especial con este animal. Y es que Jon -y sus hermanos en mayor o menor medida- es un warg, un cambiapieles, una persona que puede meterse en la mente de los seres vivos para vivir como ellos. Jon, como bastardo, ingresa en la Guardia de la Noche, el único cuerpo militar de Poniente en el que no importa tu pasado.
Jon llega a El Muro acompañado de su tío Benjen y Tyrion Lannister, entre otros. Durante su estancia en El Castillo Negro como 'alumno' se forja su amistad con Samwell Tarly, Grenn y Pyp, sobre todo. Allí, una vez finalizado su periodo de instrucción, es designado mayordomo del Lord Comandante de la Guardia de la Noche, Jeor Mormont. A Jon no le hace ninguna gracia. Él quería ser explorador, meterse en los bosques más allá de El Muro para mantener controlados a los salvajes y a otras cosas. Su nombramiento tiene mucho que ver con su futuro y es que Mormont quiere que le sustituya.
Destaca durante ese periodo su enfrentamiento con un espectro. Cuando los cadáveres de dos hermanos negros se levantan de nuevo fríos como el hielo y los ojos azules y uno de ellos intenta matar a Mormont, Fantasma lo nota y entre los dos, consiguen acabar con él aunque Jon se quema las manos y la Torre de Lord Comandante acaba ardiendo.
Y es gracias a su servicio como mayordomo del Lord Comandante cuando consigue su sueño de participar en una expedición Más Allá de El Muro, aunque ese sueño tiene parte de pesadilla. Joer Mormont, Lord Comandante, muere asesinado por sus propios hombres durante un motín pero antes de eso Jon ya no está con sus hermanos. Durante su viaje acompaña a un explorador, Qhoryn Mediamano durante una incursión entre los salvajes. El Pueblo Libre los captura. Qhorin ordena a Jon que se infiltre entre ellos para descubrir sus planes. Para que Casaca de Matraca se crea su cambio de bando Fantasma acaba matando a Qhorin.
Es durante esa incursión cuando conoce a Ygritte. La salvaje le insiste día y noche para que se acueste con ella algo que termina haciendo como parte del guión para conseguir inflirtrarse, aunque la cosa es que tampoco le desagrada. Su miedo a engendrar un bastando es su freno para mantener relaciones con una mujer pero en medio del frío con la muerte detrás de cada árbol o cada piedra, eso tampoco importa demasiado.
Después de que los salvajes ataquen El Muro a la altura del Castillo Negro Jon vuelve y es en ese momento cuando, gracias a una conspiración de Sam, se convierte en Lord Comandante de la Guardia de la Noche. Stannis para aquellos entonces ya ha llegado a El Muro para defenderlo de los ataques de los salvajes y otras cosas que Melisandre, la Sacerdotisa Roja ha visto en las llamas.
Jon, como Lord Comandante número 998 de La Guardia de la Noche acoge a todos los salvajes que se dejen de mostrar hostiles ya que considera que hay peligros mayores más allá. Quema como ofrenda al Señor de la Luz a Mance Ryder, Rey Más-Allá-del-Muro, aunque después se descubre que ha sido un truco de la Sacerdotisa Roja. Intenta repartir a los salvajes acompañados de algunos hombres de la Guardia de la Noche entre los castillos que La Guardia tiene en El Muro para que vuelvan a estar operativos. Rodeado de conspiraciones y traidores el fin para Jon en este libro es más que incierto. Apuñalado por sus hombres al más puro estilo Julio César está por ver cual será su porvenir.
Mucho se ha especulado en foros dedicado a La Canción de Fuego y Hielo sobre la identidad de la madre de Jon Nieve. ¿La hija de un pescador? ¿La hija de un señor?... pero la más extendida es la que dice que Jon es realmente el hijo de Rhaegar Targaryen y Lyanna Stark. Unos dicen que la secuestró, otros dicen que ella acudió a él por voluntad propia (Arya y Lyanna se parecen mucho, son mujeres rebeldes y un tanto indómitas). Si esto es cierto Jon sería un Targaryen, sobrino de Daenerys y eso abriría un abanico de posibilidades que los fanfics han explorado de sobra.